Cita-cita mulia KH. Muntaha al-Hafidz yang senantiasa ingin membangun masyarakat madani dari keterpurukan penjajahan masa lalu adalah lewat dunia pendidikan. Dari situlah muncul gagasan untuk mendirikan sekolah formal di lingkungan pesantren. Pada awalnya didirikan sekolah Madrasah Aliyah dan Madrasah Tsanawiyah yang sekarang menjadi Madrasah Aliyah Negeri Kalibeber dan Madrasan Tsanawiyah Negeri Kalibeber, setelah berjalan beberapa tahun kemudian muncul gagasan untuk mendirikan sekolah swasta yang memadukan antara pelajaran Dinas Pendidikan Nasional (melalui kurikulum nasionalnya) dengan pelajaran agama yang ada di pondok pesantren (melalui kurikulum ketakhassusannya), maka pada tahun 1989 didirikanlah SLTP dan SMA Takhassus Al-Qur'an Kalibeber – Wonosobo.

Sejarah proses belajar mengajar dan sejarah perkembangan dari lembaga Sekolah Menengah Umum (SMA) Takhassus Al-Qur'an adalah sebagai berikut :

1. Awal berdirinya SMA Takhassus Al-Qur'an masih menggunakan ruang praktik IIQ sebagai ruang kegiatan belajar mengajar dengan Surat Ijin Penggunaan Nomor 054/Sekt/IIQ.Wsb/VI/89 tanggal 9 Juni 1989 atas rekomendasi Bupati Wonosobo No. 421.1/1819/Kesra/1989.
2. Surat Persetujuan Berdirinya Sekolah Menengah Atas (SMA) Al- Asy'ariyyah dari Kanwil Propinsi Jawa Tengah No. 1285/I03/I/89 tertanggal 1 Agustus 1989, yang kemudian dirubah namanya menjadi Sekolah Menengah Atas (SMA) Takhassus Al-Qur'an dengan Surat Nomor : 382/I03/I.1994 tertanggal 29 Maret 1994.
3. Jumlah siswa pada awal berdirinya Sekolah Menengah Atas (SMA) Takhassus Al-Qur'an berjumlah 7 kelas, 294 anak dan setiap kelasnya berjumlah 42 anak.
4. Pelaksanaan Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) pada tahun pertama menggunakan :

• Aula Pondok Pesantren Al-Asy'ariyyah untuk 4 (empat) kelas.
• Ruang Bawah Masjid Baiturrahim untuk 2 (dua) kelas, dan
• (satu) kelas menggunakan rumah penduduk (Rumah Bapak Zawawi).
• Pada pertengahan tahun pertama kegiatan belajar mengajar pindah ke IIQ, setelah 1 ½ (satu setengah) tahun, kegiatan belajar mengajar pindah ke gedung baru SMA Takhassus Al-Qur'an yang sampai sekarang berjumlah 36 kelas.

Status Sekolah :

Setelah mengalami perkembangan dan proses perbaikan dari sejarah awal berdirinya SMA Takhassus Al-Qur'an, maka pada tanggal 22 Desember 1993 mendapat status Diakui dengan SK Menteri Pendidikan No. 525/C/Kep/I/1993, dan pada tanggal 17 September 1999 sampai sekarang berstatus Disamakan dengan SK Direktorat Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah Nomor : 273/C.C7/Kep/Mn/1999.

Ciri Khas dan Keunggulan

SMA Takhassus Al-Qur’an sesuai dengan namanya Takhassus mempunyai ciri khas yaitu memadukan materi pelajaran Dinas Pendidikan dan Materi ketakhassusan yang meliputi :

1)     Al-Qur’an Hadist

2)     Nahwu Shorof

3)     Aswaja

4)     Fiqih

5)     Bahasa Arab

6)     Bhs. Inggris

dan mempunyai ungulan di bidang :

1)     Bhs. Arab

2)     Bhs.Inggris

3)     Bhs. Mandarin

4)     Tahfidzul Qur’an

a)     Setiap siswa diwajibkan menghafal Al-Qur’an, yang penghafalanya dipandu oleh guru setiap awal masuk pelajaran ( Jam 07.00 Wib s/d 07.30 Wib )

b)     Dari penghafalan Al-Qur’an tersebut hampir setiap tahun dapat mewisuda 3 s.d 5 siswa yang Hafal 30 Juz.

Model pengasuhan / pembimbingan siswa :

Dalam pengasuhan siswa SMA Takhassus Al-Qur’an menerapkan sistem Asrama / Pondok yang pembimbingan belajar agama disamping disekolah juga dilajutkan pada sore dan malam hari di Pondok Pesantren, disamping itu dalam kegiatan belajar sehari-hari siswa di pisah kelas Putra dan Kelas Putri.